17世纪末，清中央政府首次管理西藏地方大活佛转世事务。

　　1682年，五世达赖喇嘛圆寂。第司（职官名）桑杰嘉措(sde pa sangs rgyas rgya mtsho，1679-1703) 为了与蒙古和硕特汗王争权，匿丧不报，秘密寻访认定转世灵童。1696年，康熙皇帝了解到真相后，批准第巴桑结嘉措认定的仓央嘉措（tshangs dbyangs rgya mtsho，1683-1706）为六世达赖喇嘛。1697年，仓央嘉措被迎请到浪卡子，由五世班禅额尔德尼剃度、授沙弥戒、取法名，在布达拉宫坐床。康熙皇帝（1654-1722）派二世章嘉活佛（1642-1714）照料坐床。这是清中央政府首次管理达赖喇嘛的转世事务，也是直接管理西藏地方大活佛转世事务的开端。

　　1705年，和硕特汗王拉藏汗（1656-1717）杀桑杰嘉措，废黜仓央嘉措，并解送北京，另立意希嘉措（ye shes rgya mtsho）为六世达赖喇嘛。康熙皇帝为了稳定西藏社会，同意拉藏汗所请，赐意希嘉措金印。西藏僧俗和青海蒙古诸部不满拉藏汗的废立行为，认定今四川理塘出生的格桑嘉措（bskal bzang rgya mtsho, 1708-1757）为仓央嘉措的转世，青海蒙古首领将格桑嘉措迎往青海塔尔寺。清朝为争取西藏僧俗和青海蒙古首领的支持，承认了格桑嘉措。1720年，康熙皇帝册封其为“弘法觉众第六辈达赖喇嘛”（后在乾隆时排序为七世达赖喇嘛），并命皇子允禵携金印金册至塔尔寺封赐。

　　从1697年至1720年，围绕五世达赖喇嘛转世灵童问题的争斗，令清朝充分认识到管理好达赖喇嘛转世对稳定蒙藏的关键作用。为此，清朝政府不断加大对活佛转世管理的力度。

　　1725年，清朝发布命令，由当地世俗贵族管理西藏事务。1727年，西藏上层内乱。清朝出兵平乱，设立驻藏大臣，监督西藏的地方行政、宗教等事务，并将七世达赖喇嘛移驻四川泰宁。1735年，雍正皇帝（1678-1735）派人护送七世达赖喇嘛回拉萨，令颇罗鼐（pho lha ba bsod nams stobs rgyal，1689-1747）掌管西藏事务，达赖喇嘛管理格鲁派宗教事务（参见图版12、参见图版87）。1750年，珠尔墨特那木扎勒（vgyur med rnam rgyal，？-1750）叛乱，杀驻藏大臣，清朝再次派兵平乱。1751年，颁布《酌定西藏善后章程十三条》，确立达赖喇嘛政教合一，与驻藏大臣共同管理西藏事务的行政制度。

　　1737年，五世班禅额尔德尼圆寂，清中央政府对其转世灵童认定过程进行管理。1740年，经扎什伦布寺喇嘛寻访、护法神降神,七世达赖喇嘛派代表会同西藏地方政府官员共同确认了五世班禅额尔德尼的转世灵童，并由驻藏大臣纪山向乾隆皇帝报告，获得批准。七世达赖喇嘛给灵童取法名为罗桑班丹益希（blo bzang dpal ldan ye shes，1738-1780）。1741年，灵童在扎什伦布寺举行坐床典礼，乾隆帝特派专使由颇罗鼐陪同前往祝贺。

　　1757年，七世达赖喇嘛圆寂，乾隆皇帝派三世章嘉呼图克图（1717-1780）进藏，主持转世灵童的寻访、认定，同时任命第穆活佛阿旺绛贝德勒嘉措（ngag dbang vjam dpal bde legs rgya mtsho，1722-1777）摄政，代行达赖喇嘛的政教权力，建立了中央政府在达赖喇嘛圆寂到新一世达赖喇嘛亲政期间，任命摄政代行达赖喇嘛职权的摄政制度。

　　三世章嘉呼图克图经与六世班禅额尔德尼察验，认定后藏托布加（今南木林县）儿童为转世灵童。经乾隆皇帝批准，灵童于1761年被迎入扎什伦布寺，六世班禅额尔德尼为其剃度，起名为绛贝嘉措(vjam dpal rgya mtsho，1758-1804)。1762年，经乾隆皇帝批准，在布达拉宫坐床，是为八世达赖喇嘛。乾隆皇帝特派喀尔喀蒙古亲王和青海塔尔寺驻京活佛阿嘉呼图克图看视坐床。1781年，乾隆皇帝依例册封（参见图版89）。1784年，令八世达赖喇嘛亲政。